В центре повествования — семья Годуновых, хитроумных и амбициозных выходцев из старинного боярского рода. Их судьба неразрывно сплетается с судьбой России в самую бурную эпоху её истории. Всё начинается при дворе Ивана Грозного, где Борис Годунов, проявив недюжинный ум и волю, пробивается из опричников в ближайшие советники царя, а его сестра Ирина становится женой наследника престола, слабого и набожного Фёдора Иоанновича. После смерти Грозного и воцарения Фёдора именно Борис, как шурин государя, становится фактическим правителем огромной страны.
Однако власть, добытая умом и интригами, оказывается зыбкой. Со смертью царевича Дмитрия в Угличе и бездетного царя Фёдора династия Рюриковичей пресекается, и Борис из правителя превращается в избранного царя. Но тень подозрения в убийстве Дмитрия, страшный голод и появление таинственного самозванца, объявившего себя «чудом спасшимся» царевичем, обрушивают страну в пучину Смуты. После смерти Бориса и гибели его семьи династия Годуновых падает, а Россия погружается в хаос, из которого лишь годы спустя выйдет с новым царём — Михаилом Романовым.